这次华东政府发动的灭清之战是分北南两线进行，当然是以北线的战争为主，而南线的战争只补充和为以后南下统一全国作准备工作。
而现在北线战争的第一阶段己经结束，战前的目标基本都己实现，在稳固北京地区的统治之前，不会再发动新的战事了，因南线的作战也可以展开了。
南线作战的目地是控制湖北省全境，不仅是获得以后南进江南的前进基地，同时己控制长江流域的折冲要路。
清朝时期，湖北省共划分10府1州，分别是武昌府，汉阳府，黄州府，安陆府，德安府，荆州府，襄阳府，郧阳府、宜昌府、施南府、荆门州。现在华东政府占西北的德安、襄阳、郧阳三府、以及汉阳府、黄州府部份地区，全部都在长江北岸。
负责进攻湖北省的部队是海军陆战队和东南军区第9野战军，因为这次作战有渡江作战的任务，因此让海军陆战队也参战。而湖北省核心就是武昌、汉阳二府，也是这次进军的首攻方向，由第9野战军负责进攻汉阳府、海军陆战队进攻武昌府。
其实渡江作战比渡海登陆作战要简单得多，即使不用海军陆战队，陆军也能完成，但考虑到在以后相当长的一段时间内，陆军都将是战争的主角，而海军陆战队基本都没有作战的机会，因此这一次还是分派给海军陆战队一定的作战任务，毕竟对清廷的战争，基本都是立功的机会。另外，海军陆战队也和陆军一样，进行了大扩军，部队里的新兵居多，这次也是让这些新军得到一次实战煅练的机会。
接到军委的作战任务之后，罗岳也着手制定进攻武昌府的作战计划，武昌府的治所在武昌，这是一座在中国历史上相当有多，且极有特色的城市，其最大的特点就是临江而建，而且长江在武昌城流域是先由西南至东北流向，在武昌东北的青山附近，转由西北至东南流向，成为武昌城北部一个天然的半包围防线，而在城东还有东湖，可以说是防御的条件是相当好时。而且武昌城中驻守着湖北新军，这是由张之洞一手组建，在清廷仅次于北洋新军的新式军队，曾和当时被称为义勇军的人民军交过手，虽然被击败，但还是有一定的战斗力，不容轻视，如果冒然强攻，可能会有较大损失。
于是根据武昌的地势，又考查了长江水道的水文和清军的布防情况，罗岳制定了一个两线进攻的作战计划，一路沿长江进攻，在武昌城西北部的平湖门、汉阳门、武胜门一带进行登陆作战，但实际是作为佯攻，吸引武昌守军的注意力，而另一路则在武昌城东的白浒山一带登陆，这里距离武昌城约30公里，与武昌城隔东湖相望，地势偏避，基本没有什么守备，登陆成功之后，直插武昌城东的忠孝门、宾阳门，这一路才是进攻武昌的主力。共计出动1个师，2个旅的兵力，约3万人左右。
南线作战的命令下达之后，罗岳立刻下令部队出击，首先由8艘驱逐舰，8艘巡逻舰组成4支水上支队，在武昌城西北的江面上对武昌城展开炮击。
虽然华东政府的控制区都在长江以北，但整个湖北境内的长江流域都被华东政府所控制，虽然长江以南的清廷控制区的长江航运必须与华东政府合作，但长江以南的清廷各督抚大员对华东政府依然十分防备，而湖广总督是赵尔巽是汉军正蓝旗人，湖北巡抚端方是满洲正白旗人，相对来说和清廷的关系比其他汉族大臣更为近密，由其是端方，对清廷忠心耿耿，对华东政府相当敌视。
而且在华东政府发动灭清战争，特别是在攻占北京，俘虏了慈禧、光绪之后，长江以南的清廷各督抚大员们也都开始加强自己管辖区的布防，端方更加亲自检查武昌的城防，设施，布置兵力，并且还沿江修建了不少烽火台，传递警报。因此华东政府舰队一进入湖北省境内，清军就点起烽火，向武昌发出警报。当然这也是华东政府所希望见到的，也没有阻止。
武昌的赵尔巽、端方收到警报之后，虽然还不敢确定华东政府是否对湖北发动战争，但还是下令沿江的城门作好布防准备。果然，舰队到达武昌西北江面之后，向武昌的沿江城墙展开了炮击，不过这时清军也做好了战斗的准备，而且湖北新军也算训练有素的，于是也立刻向华东政府的舰队展开了反击。而且端方也亲自赶到城墙上指挥作战，于是江面上炮声轰鸣不断，到是颇为热闹。
而就在这时，人民军海军陆战队的两个旅在白浒山江岸登陆，然后兵分两路，一路沿东湖的北岸进军，进攻忠孝门；另一路沿东湖的南岸进军，进攻宾阳门。
这时清军的注意力己经完全被江面上进攻的舰队吸引，根本没有想到人民军还会从自己的侧后方进攻上来。果然，清军在忠孝门、宾阳门的守备十分空虚，而赵尔巽、端方接到告急，赶忙从西北调兵来增援忠孝门、宾阳门，己为时晚矣，人民军轻易的就攻破了城门，杀入武昌城内，并且和增援而来的清军展开了激战。
湖北新军确实还有一定的战斗力，而且又是在自己的主场作战，因此双方一时打得势均力敌，难解难分。不过就在这时，江面上进攻的人民军舰队也加强了攻势，炮击的速度、频率都大幅提高，同时登陆军队也在舰队的火力掩护之下，分别在平湖门、汉阳门、武胜门等地登陆，而守卫城门的清军大部份都被端方调去增援忠孝门、宾阳门，结果顾此失彼，又造成了平湖门、汉阳门、武胜门等地的守备兵力空虚，先后也都被人民军攻破。
赵尔巽和端方见武昌城的大势己去，也不敢在城中作困兽犹斗，赶忙带领败军撤出武昌城，退守到湖南省的岳州府，人民军趁势攻占了武昌。
几乎就在同一时刻，人民军的第九野战军也由德安府出击，进攻汉阳府，并顺利的攻占了汉阳城。不过在顺利的攻取了武昌、汉阳两所州治，人民军到没有急于进军，而是先攻占武昌、汉阳两府内的其他州县地方。这也让退到岳州府赵尔巽和端方得到了喘息之机。同时湖南巡抚杨文鼎也赶到岳州府，和两人协商应对之策。
现在也没有什么好办法，毕竟打是打不过人民军，端方建议向其他的督抚大员求援，虽然现在北京失了，皇帝也成了华东政府的俘虏，但东南各省仍在，大家都是唇亡齿寒，两湖之地丢了，其他督抚大员的地盘也都难以保全，因此这时大家必须同仇敌忾，齐心协力对抗华东政府。
但杨文鼎则认为可以托人向华东政府求和，大家不妨坐下来谈条件，如果华东政府开出的价码两湖付得起，还是以和为贵，免动刀枪。而这个中间人可以找袁世凯来帮忙，因为他和华东政府一向都保持着良好的关系。
赵尔巽心里十分清楚，端方的建议根本行不通，就算其他督抚大员愿意出兵来救援湖北，但军队的调动，不是短时间就能成行的，何况赵尔巽也不认为东南的督抚大员们联合起来就能够与华东政府对抗，毕竞现在可不庚子国变的时候，那时东南的督抚大员们可以搞出一个东南互保来，和洋人周旋，力保东南不失，但现在的督抚大员中，可没有李鸿章、张之洞、刘坤一这样有份量的大佬级官员，而且东南华东政府可也不是洋人可比的。因此还是杨文鼎的建议靠谱，如果这次华东政府只满足于占领湖北省，那就给他们算了，自己起码还有湖南省可以立足，而如果华东政府不满足于只占领湖北省，还要把湖南也拿下，自已就只能自认倒霉，要么向华东政府投降，或许还可以在华东政府谋取个一官半职，养老送终，要么就挂印封金而去，从此隐居乡里，了此残生了。
于是赵尔巽立刻联络袁世凯，请他帮忙周旋调停。虽然端方心里不赞同，但无奈孤掌难鸣，因此只能任由他们施为。
接到了赵尔巽的电报之后，袁世凯也不由得大喜过望，因为他正想找个机会和华东政府沟通。
在华东政府发动灭清战争之后，袁世凯一直就在紧密的关注着华东政府的动向，虽然这己早在他的预料之中，否则袁世凯也不会在大半年前谋划南下，就是要避开华东政府的兵锋。但华东政府突然发动进攻湖北的战斗，到是把袁世凯吓了一大跳，因为进攻湖北的战斗就超出了他的预想，难道说华东政府这是要打算南北并进，一口气统一整个中国吗