不过宫本直拓还是低估了暴乱队伍的决心，他们已不是单纯勇敢而不畏生死，还充满了殉道的决心，因此才和此义无反顾，伤亡多少也不后退。而且巡逻队配备的多是手枪，射程只有30米左右，真要是不怕死的，确实有很大的机率可以冲到巡逻队的近前。而一但到了近身作战，巡逻队的优势就不大了，一来是人数少；二来是巡逻队配的格斗武器是一根60厘米左右的短棍，而暴乱队伍大多都配了长矛、棍棒，即使是武士刀也有一米左右，打起来自然大占优势。
双方激战了20余分钟，暴乱队伍虽然己伤亡了6、70人，巡逻队也有20余人的伤亡，而且竟然己经有些不敌，被暴乱队伍冲到了近前，打得连连后退了3、20余米，再打下去恐怕用不了多久，就要全军溃败了。这时宫本直拓就是再着急也没有用，虽然他开枪射击打死了6、7名暴徒，但也是孤掌难鸣。
好在是就在这时，又有两支巡逻队赶到，加入战团中来，这才算是扭转了局面，毕竟暴乱队伍的人数虽多，而且人人不畏生死，但血肉之躯终是不能和现代武器相抗衡。不过侥是如此，暴乱队伍仍就又抵抗了20余分钟，才终于不敌巡逻队，被打的四散败逃开去。当然还是留下不少受伤的人。
巡逻队在追击抓捕暴乱人员，但宫本直拓却无心管其他事情，冲进伊藤博文的府邸里去寻找伊藤博文，心里还在不停的祷告，希望能有奇迹出现，伊藤博文平安无事。
但奇迹并不是那么容易出现的，一冲进府邸的庭院，宫本直拓就看到了躺在血泊中的伊藤博文，而且身上、身边撒满了写有“天诛”字样的白纸。而这时宫本直拓的头脑中顿时一片空白，第一次对日本的前途产生了动摇的想法。
而就在伊藤博文的府邸遭到暴乱队伍攻击的同时，山县有朋的府邸也遭到了攻击。
不过这一次暴乱队伍的运气就要差得多了，一来山县有朋府邸里正在饮宴庆贺，基本一大家子人都没有睡，虽然不算是早有准备，但暴乱队伍想打他们一个措手不及己然是不可能的；二来山县有朋毕竞是军人出身，他家的仆人中有不少是退役的军人，而且在他家里还有几支枪，另外来山县有朋家里赴宴的人基本都是陆军中的重要人物，即使是来山县有朋的府里做客，也会带几名警卫，加起来也有2、30人枪，并且都是现役的军人，战斗力可要比伊藤博文的府邸强多了。
当下立刻依托府邸的建筑、墙壁、假山石等掩体奋斗抵抗，暴乱队伍反而被打了一个措手不及，一下子就被打死了10人，而连山县有朋家里的大门都没有摸着。
不过进攻山县有朋府邸的暴乱队伍也有300余人，其中士兵也有3、40人，一面向山县有朋的府邸开枪不击，一面掩护其他人向府邸进攻。虽然在进攻的途中也倒下不少人，但却是前仆后继，连绵不断。
尽管山县有朋的府邸竭力抵抗，但毕竟人数相距悬殊，而且无论是山县有朋家里的藏枪，还是警卫配带的枪支，都不可能配备太多的子弹，因此双方交战不到10分钟，山县有朋府邸的抵抗力量的子弹就都打光了，虽然也打死打伤了7、80名暴乱人员，但仍然抵挡不住暴乱队伍的进攻，终于还是被暴乱队伍攻入府邸里。
但毕竟这时山县有朋等人都己经做好了准备，而且还有人保卫，因此也是且战且退，渐渐的退出了府邸的后门。不过暴乱队伍中也不乏有头脑灵活的人，早己经分派人手，堵住了山县有朋府邸的其他各个出口，结果山县有朋等人打开后门之后才发现，这里己有人在这里守卫，虽然极时将后门关闭，没让暴乱人员趁虚攻破后门，但却己被堵在府里出不来，还是被暴乱队伍困住。而且这时仆人、警卫也伤死了大半，山县有朋、寺内政毅、桂太郎等人也都先后受伤。
眼看着山县有朋等人就要步伊藤博文的后尘，好在是就在这时，巡逻队赶到了，毕竟闹出了这么大的动静，在附近巡逻队不可能不被惊动，因此也立刻赶来解围。虽然只来了支巡逻队，但这时暴乱队伍的伤亡己接近了半数，毕竞山县有朋府邸的抵抗也是相当的顽强，否则也不可能坚持到巡逻队赶来。
巡逻队加入之后，立刻就扭转了局面，暴乱的队伍抵挡不住，也都纷纷逃窜。驱赶走了暴乱队伍之后，巡逻队又赶忙将山县有朋等人送入医院治疗。
而就在这一夜里，除了伊藤博文、山县有朋之外，还有山本权兵卫、小村寿太郎、桦山咨纪、高桥是清等行政官员，还有几名财阀都遭到了暴乱队伍的攻击，有的运气好一点，趁着混乱逃了出来，躲过了一劫；但也有的运气差，被暴乱队伍打死。
一直到凌晨6点多钟的时间，东京守备司令部收到了天皇的御旨，调动军队进入东京市区，镇压暴乱队伍，维持东京的秩序。
本来在正常情况下，日本天皇是不会亲自给其他机构下令的，而是下令给内阁，由内阁去俱体操力1。但今天的情况特殊，皇宫里在凌晨3点左右时就收到了暴乱队伍的消息，明治天皇从睡梦中惊醒之后也吓得不轻，这段时间明治天皇的身体不太好，一则是现在明治天皇也是快60的老人了，身体自然不比甲午时期的壮年；二则是远东战争结束之后，明治天皇心忧国事，心情自然不会好，心情不好，身体当然就差。于是明治天皇立刻起身穿衣，因为再睡也睡不着了，而在更衣的同时，明治天皇又下令命内阁调动军队，镇压东京的暴乱事件。
但命令发下了，明治天皇这才想起来，山本权兵卫己经辞职了，内阁也被解散了，新的首相、内阁还没有成立，正好赶到这个时间点上，那这命令下给谁去。
这一下明治天皇也犯了难，现在暴乱的消息却还在不断的传来，现在暴乱队伍的规模也越来越大，除了攻击官员、财阀之外，还有相当一部份攻击商铺、银行等机构，如果就这样放任下去，还不知会造成什么后果，而且现在明治天皇身边也没个人商量一下，明治天皇心里这个郁闷。
一直到凌晨5点多钟的时候，根据报告，这时暴乱队伍的规模己扩大到了数万人，恶行己遍及大半个东京地区，有不少地方都发生了火灾，甚致有的暴乱队伍在攻击外国使馆。明治天皇也知道不能再犹豫下去了，否则后果就难以收拾了，只得亲自下令给东京守备司令部，命令他们出动军队，镇压东京的暴乱行为，同时又下令给陆军参谋部和海军军令部，命令他们立刻调集各自的军队，准备支援东京守备司令部的军队。
但东京守备司令部从来没有收到过天皇的御令，因此接到命令之后还不敢相信，又派人到皇宫去确认，等到确认了这御令是真的，才招集军队，布置各部队的防区等事宜，结果等到军队出动以后，己快到清晨7点。
不过天亮也有天亮的好处，就是什么都看得清楚，也方便军队进行镇压。虽然这时暴乱的人数己达10余万，但毕竟和军队没法比，而到了第2天，陆军、海军的队伍也都开进东京，使参与镇压暴乱的日本军队己达7万余人。但就是如此，还是足足用了3天时间，才算是将这次暴乱行动平息下去，东京才基本恢复了平静。
而经过查点之后，在这次暴乱中，共计有6673人死亡，10964人受伤，812间房间被烧毁，1000余家商铺，20余家银行被抢劫，初步估算经济损失高达数百万日元。当然经济损失还算是其次的，最严重的损失还是人，共计有伊藤博文、小村寿太郎、大畏重信、井上馨等4位重臣死于暴乱，另外还有山县有朋因受伤太重，在3天后不治身亡，同时遇难的还有3名财阀，而寺内政毅、桂太郎、山本权兵卫、高桥是清等官员也都在暴乱中受伤，因此可以说这次日本的损失极为巨大。好在是在暴乱发生前，日本在各使馆布置了大量的警力，总算是没有让暴徒攻破各使馆，也算是不幸中的万幸。
暴乱虽然被平息下去，但后续的清算工作足足持序了近1个月，仅抓捕的人员就达4万5千余人，几乎是只要参与了暴行的人都被抓捕。主犯被确认17人，主从犯确认41人、次从犯多达500余人。
明治天皇对这次暴乱相当的行为是相当的恼火，因此对他们的处罚极为严厉，主犯、主从犯均被处以死刑，次从犯被判罚无期，发配到北海道服役终身，其余参与人员最少的也被判罚10年的刑期。
而在新首相的确立方面，寺内政毅身受重伤，一时半会好不了，而且这次暴乱中有共计417名陆军士兵参与，也让陆军系十分尴尬，显然再由陆军系出任首相，也是难以服众的。最后众人协商决定，由西园寺公望出任首相，重新组阁。
西园寺公望是明治维新的元老之一，也是政友会的组建者之一，无论是个人威信，还是资历，都是目前日本出任首相的最佳人选，也是各方势力都能认同的人选。